Susunan Organisasi dan Tata Kerja STAI Al – Musadaddiyah terdiri dari :
1.Unsur Pimpinan
Ketua : DR. Syaik Abdillah, M.Ag.
Wakil Ketua I : DR. Nahdi Hadiyanto, M.Si.
Wakil Ketua II : DR. Ahmad Izzan, M.Ag.
Ketua Prodi Pendidikan Islam Anak Usia Dini : Siti Aliyah, M.Pd.I.
Sekretaris Prodi PIAUD : Selly Pratiwi, M.Pd.
2. Unsur Pelaksana Administrasi
Kepala Bagian Administrasi :
Kasubag Bagian Adm Keuangan (BAK) : Neni Maryani, S.Ag
Kasubag Bagian Adm. Akademik
Kemahasiswaan dan Alumni (BA2KA) :
Kasubag Bagian Adm.Umum dan Kepegawaian (BAUK) :
Kasubag Bagian Perencanaan dan Sistem Informasi (BPSI) :
Staf BAK : Neni Maryam, S.Ag.Staf
BA2KA :1. Indra Ridwani Ismail, S.Pd.I.
2. Khoerunnisa Nurapipah
Staf BAUK : 1. Udi Wahyudi
2. Amas Supendi
Staf BPSI : 1. Eko Senjaya, S.T.
2. Deri Setiawan, S.T.
3. Unsur Penunjang Akademik
Kepala LP2M : Rofiq Azhar, MM
Staf LP2M : Evita Yuliatul Wahidah, M.Pd.I.
Kepala Language Development Centre (LDC) / Lab. Bahasa
Kepala Lab. Micro Teaching (Lab. MT)
Staf LDC / Lab. Bahasa
Staf Lab. Micro Teaching (Lab. MT)
4. Unsur Penunjang
Kepala UPT Perpustakaan : Dra. Neneng Kurniasari